上海大井生物工程有限公司于2002年在上海交通大学慧谷科技园注册成立。公司由上海交大农业科技有限公司、上海交大农学院农业生物工程训练中心等共同出资组建。
公司始终紧密依托上海交通大学科技、人才、多学科综合等资源优势，专注于现代农业生态资源的可持续发展，农业生态环境修复治理等领域的技术研发和产品创制。
公司成立后积极开展合作，与日本、美国等相关微生物研究所、专家合作，在农业废弃物发酵菌剂和农业环境水处理生物菌剂等方面研发生产取得了丰硕的成果。
2008年公司与上海交通大学农业环境微生物工程研究所合作组成研发团队，先后承担国家及上海市科委和农委重点科技攻关项目等20余项。
公司利用现代生物工程技术，在防治现代农业病虫草害、减少化学农药残留、重金属超量富集、农业废弃物和土壤盐渍化等方面，创制了哈茨木霉益菌土壤修复剂等农业环境污染和生物灾害控制的各种关键技术和产品。2012年公司成功取得了农业部颁发的哈茨木霉微生物肥证，2013年1月公司哈茨木霉菌项目还获得了国家教育部颁发的科技进步一等奖等荣誉。
公司在上海浦东新区航头镇建成了占地3万平米、集成生态循环前沿技术的现代化终端产品创制基地，公司部在上海世贸商城采购中心，公司运营总部、研发中心、种质资源库在上海交通大学七宝校区内。
公司秉承“交大科技、凿井成源”的理念，积极探索创新产、学、研融合模式，应对市场的需求，为我国现代农业可持续健康发展作出贡献。